longranger小提琴(發(fā)表Nature等雜志四十多篇的老師帶您學(xué)習(xí)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)挖掘和課題設(shè)計(jì))

兩天一夜高強(qiáng)度訓(xùn)練，理論與實(shí)戰(zhàn)相結(jié)合

贈(zèng)送高清視頻供學(xué)員復(fù)習(xí)使用

授課老師

來(lái)自中科院，長(zhǎng)期從事單細(xì)胞多組學(xué)方面的項(xiàng)目研究，發(fā)表Nature等雜志四十多篇論文，目前承擔(dān)國(guó)家科技部、國(guó)家自然基金委和重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃等多項(xiàng)課題

會(huì)務(wù)背景

單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)作為科研領(lǐng)域最新、最熱的技術(shù),發(fā)展神速。好的技術(shù)給科研帶來(lái)了更為豐富、精準(zhǔn)的數(shù)據(jù)。如何在最終的數(shù)據(jù)分析中結(jié)合生物學(xué)背景挖掘到更多信息也是困擾很多科研人員的一大難題。為了讓更多的研究者了解單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)挖掘的常用套路以及單細(xì)胞常用數(shù)據(jù)分析軟件的使用特舉辦單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)挖掘與課題設(shè)計(jì)學(xué)習(xí)班。

學(xué)習(xí)目標(biāo)

1、了解單細(xì)胞測(cè)序基本概念及原理

2、了解單細(xì)胞測(cè)序分析的常用軟件

3、掌握單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)的下載方法

4、掌握單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)的研究思路

5、學(xué)會(huì)R語(yǔ)言基本語(yǔ)法和繪圖技巧

6、學(xué)會(huì)用R代碼進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析并作圖

7、熟悉CNS雜志單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文章思路

8、熟悉零成本的單細(xì)胞相關(guān)課題設(shè)計(jì)思路

9、獲得全套全自動(dòng)化分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的流程腳本

課程設(shè)置

第一天上午

8:30-

11:30

單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)與應(yīng)用

1.單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)發(fā)展歷程和原理介紹。

2.單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)在科研領(lǐng)域的應(yīng)用。

3.近年單細(xì)胞技術(shù)CNS文章思路解析。

4.單細(xì)胞文章常見(jiàn)圖表解讀。

5.單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)在癌癥、發(fā)育、免疫及在植物等領(lǐng)域的研究?jī)?nèi)容及思路。

理論

第一天下午

1:30-

17:00

Linux及R語(yǔ)言入門(mén)與實(shí)操

1.常規(guī)基礎(chǔ)Linux命令入門(mén)講解及實(shí)操訓(xùn)練。

2.R語(yǔ)言簡(jiǎn)介及安裝，RStudio的安裝及使用說(shuō)明。

3.R語(yǔ)言語(yǔ)法介紹及常用命令。

4.數(shù)據(jù)處理功能及統(tǒng)計(jì)應(yīng)用。

5.R語(yǔ)言畫(huà)圖實(shí)操：tSNE，小提琴圖，熱圖，網(wǎng)絡(luò)圖，GO、KEGG富集圖，GSEA等圖形繪制。

實(shí)操

第一天晚上

18:00-21:00

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析思路及流程

1.單細(xì)胞高分文章分析思路解析（細(xì)胞類(lèi)群確定、擬時(shí)間分析、差異表達(dá)、通路富集、轉(zhuǎn)錄因子、配體受體互作等）。

2.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組比對(duì)、定量、分群及擬時(shí)間分析等軟件及參數(shù)。

3.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組轉(zhuǎn)錄因子、功能通路及配體受體互作思路解析。

4.單細(xì)胞組學(xué)分析常用數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及使用。

5.基因富集分析和可視化。

理論

第二天上午

8:30-

11:30

單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化、細(xì)胞分型及marker鑒定

1.10X官方單細(xì)胞軟件Cellranger講解及實(shí)操。

2.從基因表達(dá)矩陣開(kāi)始到marker基因篩選全過(guò)程講解及實(shí)操。

3.通過(guò)Seurat軟件進(jìn)行PCA及tSNE降維。

4.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞鑒定及聚類(lèi)分析。

5.通過(guò)Seurat及GSVA等進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異分析。

實(shí)操

第二天下午

1:30-

17:00

單細(xì)胞數(shù)據(jù)軌跡分析，功能富集

1.通過(guò)Monocle軟件進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組擬時(shí)間分析。

2.通過(guò)DAVID及metascape網(wǎng)站進(jìn)行通路富集分析。

3.單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析總結(jié)。

4.歸納總結(jié)零成本單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘思路。

5.單細(xì)胞測(cè)序基金申請(qǐng)思路、準(zhǔn)備內(nèi)容及注意事項(xiàng)等。

理論+

實(shí)操

其他事宜

【主辦單位】

瑋瑜科研平臺(tái)（上海瑋瑜生物科技有限公司）

【承辦單位】

上海瑋瑜生物科技有限公司

【時(shí)間地點(diǎn)】

時(shí)間：2019年10月12-13日11日?qǐng)?bào)到

地點(diǎn)：上海田林賓館田林路1號(hào)

【住宿說(shuō)明】

田林賓館380元-450元/標(biāo)間費(fèi)用自理

【會(huì)務(wù)費(fèi)用】

3400元/人。授課期間發(fā)放紙質(zhì)邀請(qǐng)函（蓋章）和發(fā)票。按交費(fèi)先后順序確定座位號(hào)。會(huì)務(wù)期間提供午餐，晚餐自理。

【指定賬戶(hù)】

A：銀行轉(zhuǎn)賬

戶(hù)名：上?，|瑜生物科技有限公司

賬戶(hù)號(hào)：97340154740007035

開(kāi)戶(hù)行：上海浦東發(fā)展銀行大華支行

B：支付寶轉(zhuǎn)賬

收款人：wybiot@163.com

支付寶戶(hù)名:上海瑋瑜生物科技有限公司

C：現(xiàn)場(chǎng)刷卡或現(xiàn)金：支持公務(wù)卡

說(shuō)明：匯款時(shí)寫(xiě)上您的姓名，如果朋友代付一定要注明您本人的名字，便于好查詢(xún)。

【聯(lián)系人】

聯(lián)系人：謝老師13611825136

指定報(bào)名郵箱：wybiot@126.com

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