小提琴臨摹色彩(「科研貓·繪圖」優(yōu)雅版·小提琴圖（帶R代碼分享）)

作者：科研貓|飛飛

責(zé)編：科研貓|依米

今天教大家來畫一種非常知性優(yōu)雅（一眼萬年那種的~）的圖形：小提琴圖。

小提琴圖

定義：Violinplot，和Boxplot一樣，也是一種用作顯示一組數(shù)據(jù)分散情況資料的統(tǒng)計(jì)圖，其形狀類似小提琴。它主要用于反映原始數(shù)據(jù)分布的特征，還可以進(jìn)行多組數(shù)據(jù)分布特征的比較。

解讀：小提琴圖是【箱線圖】與【核密度圖】的結(jié)合，箱線圖展示了分位數(shù)的位置，核密度圖則展示了任意位置的密度，通過小提琴圖可以知道哪些位置的數(shù)據(jù)點(diǎn)聚集的較多，因其形似小提琴而得名。如下圖所示，其外圍的曲線寬度代表數(shù)據(jù)點(diǎn)分布的密度，中間的箱線圖則和普通箱線圖表征的意義是一樣的，代表著中位數(shù)、上下分位數(shù)、極差等。

繪制方法：使用ggplot2包的geom_violin()函數(shù)繪制小提琴圖，為了更好地表征數(shù)據(jù)分布，再用geom_boxplot()函數(shù)疊加一個箱線圖。

繪圖操作：使用科研貓?zhí)峁┑?strong>提琴圖·R代碼，只要提供幾個參數(shù)即可：

（1）設(shè)置用來繪圖的數(shù)據(jù)文件；

（2）設(shè)置小提琴的顏色，可以是red、blue、green等各種顏色，當(dāng)你想繪制多種顏色時，使用“random”；

（3）設(shè)置x軸的標(biāo)簽；

（4）設(shè)置y軸的標(biāo)簽

然后直接運(yùn)行代碼即可。

只需短短幾秒，你就會徹底愛上我們的代碼，我們的小提琴圖。超高顏值、時尚穿搭，editor都說愛了呢。

網(wǎng)站概覽

介紹完小提琴圖，給大家隆重介紹一下全網(wǎng)首個開源繪圖平臺-Hiplot。Hiplot是openbiox聯(lián)合科研貓鄭重推出的，免費(fèi)注冊，無需安裝，一站式繪圖的開源繪圖平臺，你還在等什么？

導(dǎo)言

數(shù)據(jù)可視化在科研工作中發(fā)揮著越來越重要的作用。基于可視化圖形，我們可以更好地展示科研數(shù)據(jù)中的主要特征和規(guī)律。以生物醫(yī)學(xué)為例，大多數(shù)臨床醫(yī)學(xué)學(xué)生和初級科研工作者一般需要花費(fèi)數(shù)十天乃至數(shù)月的時間去熟悉和掌握常用的數(shù)據(jù)可視化工具，如SPSS、Origin和Graphpad。之后才有可能去完成部分基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析和可視化。如果是要專門從事數(shù)據(jù)分析和建模方向的相關(guān)人員則還需額外學(xué)習(xí)一門甚至數(shù)門編程語言（如MATLAB、R和Python）。而要達(dá)到能夠自由探索數(shù)據(jù)的水平則還需要額外花費(fèi)更多時間去深入學(xué)習(xí)和進(jìn)階。

近年來，隨著各類云計(jì)算平臺（如生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的Galaxy和DNAnexus）、相關(guān)IT軟硬件基礎(chǔ)設(shè)施的發(fā)展（如分布式計(jì)算、容器技術(shù)、軟件包管理器、數(shù)據(jù)分析流程構(gòu)建框架等），初級科研工作者已經(jīng)可以相對比較輕松地獲取相關(guān)數(shù)據(jù)的上游分析結(jié)果。特別是當(dāng)常規(guī)組學(xué)數(shù)據(jù)的上游分析流程趨于穩(wěn)定和完善，數(shù)據(jù)上游分析流程的可自定義程度和可變程度已經(jīng)大大降低。而數(shù)據(jù)分析下游流程中的可視化和個性化深度解讀已經(jīng)成為當(dāng)前用戶面臨的最大挑戰(zhàn)：

開源用戶社區(qū)開發(fā)的可視化軟件或方法大多還沒有很好的整合在一個統(tǒng)一的用戶接口之下；國內(nèi)缺少活躍的針對科研數(shù)據(jù)可視化的協(xié)作社區(qū)，“**畫圖群”成為初級科研用戶為數(shù)不多的選擇；國內(nèi)缺少類似于Graphpad、MATLAB核心數(shù)據(jù)可視化軟件和平臺，在被美國禁用之后，只能花費(fèi)額外成本進(jìn)行流程遷移或重頭開始開發(fā)；相關(guān)數(shù)據(jù)可視化工具仍然相對匱乏，雜志和用戶需求旺盛，已發(fā)布多年的Circos圓圈圖可視化，通過封裝一些便捷操作就可以發(fā)表文章：RascheH,HiltemannS.GalacticCircos:User-friendlyCircosplotswithintheGalaxyplatform.Gigascience.2020;9(6):giaa065.doi:10.1093/gigascience/giaa065;MarxH,CoonJJ.MS-Helios:aCircoswrappertovisualizemulti-omicdatasets.BMCBioinformatics.2019;20(1):21.Published2019Jan11.doi:10.1186/s12859-018-2564-9;YuY,OuyangY,YaoW.shinyCircos:anR/ShinyapplicationforinteractivecreationofCircosplot.Bioinformatics.2018;34(7):1229-1231.doi:10.1093/bioinformatics/btx763）國內(nèi)外開發(fā)的一些平臺和工具用戶體驗(yàn)一般：用戶界面不夠美觀；中英文支持的屈指可數(shù)；上手仍然有一定難度；部分平臺的文件管理不太方便；用戶能夠主動參與平臺建設(shè)的少之又少。

Hiplot簡介

Hiplot是由openbiox社區(qū)于2019年10月發(fā)起，并在新冠疫情爆發(fā)后快速發(fā)展的一個社區(qū)開發(fā)項(xiàng)目：致力于建立一個快速迭代、支持中英文環(huán)境的科研數(shù)據(jù)可視化平臺和協(xié)作社區(qū)。目前該平臺建設(shè)已初具規(guī)模，已提供基于R語言的40余種基礎(chǔ)可視化的功能。

Hiplot項(xiàng)目發(fā)起的初衷就是為了解決廣大臨床醫(yī)學(xué)學(xué)生和科研工作者的基礎(chǔ)科研方面的可視化需求：

基礎(chǔ)可視化：覆蓋大多數(shù)基礎(chǔ)的科研可視化功能，參照SPSS、GraphPad、國內(nèi)外開發(fā)的相關(guān)可視化軟件和工具進(jìn)階可視化：包括Shiny在內(nèi)的復(fù)雜可視化圖形和應(yīng)用；文獻(xiàn)圖表的重現(xiàn)和再分析；新的可視化圖形展示插件：如基于Circos、circlize的二次開發(fā)；openbiox社區(qū)貢獻(xiàn)的可視化應(yīng)用（如UCSCXenaShiny和bioshiny）其他任務(wù)：低計(jì)算量的其他任務(wù)（如文獻(xiàn)數(shù)據(jù)資源下載、RESTfulAPIs訪問等）文件管理（支持上傳、下載、復(fù)制、移動、刪除、在線預(yù)覽和編輯等操作）

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